La Asamblea General es el órgano de gobierno integrado por todas las Asociaciones Locales y Federaciones Territoriales. Se reúne anualmente para dar cita a los delegados de toda la red de Juventudes Musicales para tejer conjutamente las estrategias de presente y futuro de la entidad.
El Consejo de Dirección es la junta directiva y órgano ejecutivo de la entidad, actualmente responsable del mandato 2023-2027.
El Equipo Ejecutivo está integrado por un grupo de profesionales responsables de los distintos departamentos con sede en el Palacio de Longoria de Madrid.
